Man klickt mit der linken Maustaste ins schwarze Fenster und dreht das Molekül.

Vergrößern oder verkleinern kann man es mit dem Mausrad oder bei gedrückter Shift-Taste durch Auf- oder Abwärtsbewegung der Maus.

Klicken mit der rechten Maustaste öffnet ein umfangreiches Steuerungs-Menü.

Bei gedrückter Shift-Taste eröffnet ein Doppelklick mit der linken Maustaste die Möglichkeit, Moleküle mit gedrückter linker Maustaste in der Darstellungsebene zu verschieben.

Ein Klick mit der rechten Maustaste ruft das JSmol-Menü auf, dessen wichtigste Funktionen hier erklärt werden.

Zurück zu den Grundeinstellungen mit F5.

Farben der Elemtente:

• Kohlenstoff = grau
• Sickstoff = blau
• Sauerstoff = rot
• Phosphor = orange
• Wasserstoff = unsichtbar

Findet man durch Drehen und Zoomen eine geeignetere Ansicht einer Struktur, dann kann man seine Koordinaten ablesen und in diese HTML-Datei eintragen. Dazu klickt man mit der rechten Maustaste auf das Anzeigefeld und wählt erst "Anzeigen" und dann "Orientierung". Im dann angezeigten Fenster findet man ganz unten: "#Follows Z-Y-Z convention for Euler angles" Darunter steht dann etwas wie: "; rotate z 180.0; rotate y 9.0; rotate z 180.0; zoom 106.0;". Wenn diese Angaben die bisherigen in dieser HTML-Datei ersetzen, dann sieht man beim nächsten Öffnen das Molekül wieder genau so.