bioRxiv [Preprint]. 2026 Mar 4: 2026.03.03; 709416

Roland Heynkes 29.8.2026, CC BY-SA-4.0 DE

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Gliederung

NR BADE

AU Yulin Zhang, Arjun Biddanda, Sarah A. Johnson, Colm O'Dushlaine, Priya Moorjani

TI Recovering signatures of archaic introgression using ancestral recombination graphs

QU bioRxiv [Preprint]. 2026 Mar 4: 2026.03.03; 709416. PMID: 41846974 PMCID: PMC12991142 DOI: 10.64898/2026.03.03.709416

AB Neanderthal and Denisovan genomes have reshaped our understanding of archaic introgression. Yet, the limited number of archaic genomes sequenced and the reliance on unadmixed outgroups have left much of this history unresolved. We introduce TRACE, a method to identify archaic ancestry using features of ancestral recombination graphs inferred from contemporary genomes alone. Simulations show that TRACE reliably detects archaic introgression without requiring archaic genomes or unadmixed outgroups. Applied to 1000 Genomes data, TRACE recovers known Neanderthal and Denisovan introgression and reveals signals of ghost admixture from previously uncharacterized hominins in both Africans and non-Africans. Strikingly, ghost ancestry persists in Neanderthal and Denisovan ancestry deserts, challenging their interpretation as Homo sapiens-specific regions. In Oceanians, TRACE finds deep lineages enriched in Denisovan––and not Neanderthal––regions, supporting a model of super-archaic gene flow. TRACE provides a scalable framework for mapping the legacy of archaic introgression in the absence of archaic genome sequences.

SP englisch

VT Updated version available: A peer-reviewed version of this article, "Recovering signatures of archaic hominin introgression using ancestral recombination graphs.", has been published in Science.

ZF Vergleiche der Genome von Neandertalern, Denisovanern und Homo sapiens sapiens haben unser Verständnis der Introgression archaischer Gene (genauer Allele) grundlegend verändert. Doch aufgrund der begrenzten Anzahl sequenzierter archaischer Genome und der Abhängigkeit von unvermischten Außengruppen ist ein Großteil dieser Geschichte nach wie vor ungeklärt. Die Autoren stellen TRACE vor, eine Methode zur Identifizierung archaischer Abstammung anhand von Merkmalen der Rekombinationsgraphen der Vorfahren, die ausschliesslich aus heutigen Genomen abgeleitet werden. Simulationen zeigen, dass TRACE archaische Introgression zuverlässig nachweist, ohne dass archaische Genome oder unvermischte Aussengruppen erforderlich sind. Bei der Anwendung auf Daten des 1000-Genome-Projekts stellt TRACE bekannte Introgressionen von Neandertalern und Denisovanern wieder her und deckt sowohl bei Afrikanern als auch bei Nicht-Afrikanern Anzeichen einer «Geistervermischung» durch bisher nicht charakterisierte Hominiden auf. Bemerkenswerterweise bleibt diese «Geister-Abstammung» auch in den «Abstammungswüsten» der Neandertaler und Denisovaner bestehen, was deren Interpretation als Homo-sapiens-spezifische Regionen in Frage stellt. Bei Ozeaniern findet TRACE tiefe Abstammungslinien, die in Denisovaner-Regionen – und nicht in Neandertaler-Regionen – angereichert sind, was ein Modell des superarchaischen Genflusses stützt. TRACE bietet einen skalierbaren Rahmen für die Kartierung des Erbes archaischer Introgression, auch wenn keine archaischen Genom-Sequenzen vorliegen.

LA bade.pdf